Die Stiftung Bayerisches Naturerbe ist vom Finanzamt als „gemeinnützig“ anerkannt. Zustiftungen und Spenden können durch den Zuwendenden also steuermindernd geltend gemacht werden. Die Stiftung zahlt für Zuwendungen und Erbschaften keine Schenkungs- oder Erbschaftssteuer und muss für ihre Erträge (Zinsen, Dividenden etc.) auch keine Einkommens- oder Körperschaftssteuer bezahlen.
Bei Zuwendung an eine Stiftung ist zu unterscheiden zwischen einer Zuwendung in das dauerhaft zu erhaltende Vermögen einer Stiftung (Zustiftung) und der zeitnah zu verwendenden Spende.
Gemäß § 10b Abs. 1 EStG können Spenden zur Förderung steuerbegünstigter Zwecke an eine gemeinnützige Stiftung insgesamt bis zu 20 Prozent des Gesamtbetrags der Einkünfte des Zuwendungsgebers als Sonderausgaben abgezogen werden. Abziehbare Zuwendungen, die den oben genannten Höchstbetrag überschreiten oder im Jahr der Zuwendung nicht berücksichtigt werden können, können im Rahmen der Höchstbeträge in den folgenden Jahren als Sonderausgaben abgezogen werden.
Gemäß § 10b Abs. 1a S. 1 EStG können Zustiftungen in den zu erhaltenden Vermögensstock einer gemeinnützigen Stiftung, die auf unbeschränkte Dauer angelegt ist (gilt also nicht für eine Verbrauchsstiftung!) auf Antrag des Steuerpflichtigen im Jahr der Zuwendung und in den folgenden neun Jahren bis zu einem Gesamtbetrag von 1 Million Euro abgezogen werden. Diese Abzugsmöglichkeit ist neben dem oben genannten Spendenabzug möglich. Bei zusammen veranlagten Ehegatten verdoppelt sich der Betrag auf 2 Millionen Euro. Soweit der Stifter die Beträge innerhalb des 10-Jahreszeitraums nicht in Abzug bringen konnte, gehen diese danach in den allgemeinen unbefristeten Spendenvortrag über.
Wird unter dem Dach der Stiftung Bayerisches Naturerbe eine Unterstiftung (Treuhandstiftung) errichtet, so kann die anlässlich der Gründung erfolgte Kapital-Erstausstattung dieser Stiftung gleichfalls bis zu einem Betrag von einer Million Euro steuerlich geltend gemacht werden (wie oben bei der Zustiftung). Hier besteht die Möglichkeit - neben dem zugunsten der Erhaltung unserer Natur vorgesehenen Stiftungszweck - als zusätzlichen Zweck vorzusehen, dass bis zu 1/3 der Stiftungserträge als Versorgungsleistung für den Stifter oder seine Angehörigen verwendet werden.